Im Jahre 1220 zerschlugen die Mongolen des Dschingis-Chan die chwarismische Macht in Zentralasien, und bald darauf stießen sie auf die iranische Hochebene vor. Indessen sammelte ein Sohn des letzten Chwarism-Schahs, Jalaladdin, die "chwarismische" Armee. Im Jahre 1230 griff er Kleinasien an, mußte jedoch eine Niederlage hinnehmen. Nachdem er fünfzehn Jahre lang, den ganzen Orient erzittern ließ, wurde er von einem kurdischen Hirten ermordet.

Nun trat ein Volk, das bis dahin kaum bekannt war, machtvoll in Erscheinung. Die Mongolen vernichteten innerhalb weniger Jahre, geeint und diszipliniert unter Dschingis-Chan, die Chwarism-Schahs, überfluteten Iran, erreichten den Kaukasus und Georgien, durchquerten Rußland und Polen und drangen für kurze Zeit bis nach Deutschland und Ungarn vor. Verschiedene Umstände mögen diese Siege der Mongolen erklären: ihre hervorragende Organisation, ihre augedehntes Spionagenetz, vor allem aber das namenlose Entsetzen, welches das bloße Erscheinen der unbesieglichen Barbaren hervorrief, die sich des schlimmsten Mordens und der furchtbarsten Verwüstungen seit Menschengedenken schuldig machten. Für die Muslime war die Katastrophe um so schrecklicher, als nun auf dem ruhmreichen Boden der islamischen Geschichte eine Herrschaft von Ungläubigen errichtet wurde. Die Schlacht am Köse-Dag beendete in wenigen Stunden für immer die Unabhängigkeit der Rum-Seljuqen in Kleinasien. Im Jahre 1256 wurden die Assassinen, die anderthalb Jahrhunderte dem Islam die Stirn geboten hatten, ausgelöscht, und 1258 ging Bagdad in einem Blutbad unter. Der letzte Vertreter des fünfhundertjährigen Kalifats wurde auf Befehl des Siegers Hülegü hingemordet. Darauf begann die Eroberung Obermesopotamiens und Syriens. Einige Fürsten leisteten Widerstand, andere warfen sich dem Sieger zu Füßen und beteiligten sich an der Vernichtung ihrer Glaubensbrüder. Die Armenier und die Franken von Antiochien, die in den Mongolen den entscheidenden Verbündeten gegen den Islam zu finden gehofft hatten, boten von sich aus die Gefolgschaft an und nahmen an der Belagerung von Aleppo und der Einnahme von Damaskus teil. Weil es unter den Mongolen nestorianische Christen gab, äußerten manche der eingeborenen Christen - unklug genug - ihre Symphatien für die Sieger. Man konnte den Eindruck haben, daß die neuen Ereignisse den endgültigen Untergang des Islams bedeuteten.

Ägypten indessen wurde bewahrt und wurde zum Asyl und zur Hoffnung von Flüchtlingen jeder Herkunft. Einer der letzten Ayyubiden, as-Salih, hatte seine militärische Macht zunächst auf die Chwarismer gestützt, dann auf eine Garde türkischer Sklaven ("Mamluken"). Nach seinem Tode ergriffen sie selbst die Macht. Ende 1260 konnte die mamlukische Armee bei `Ain Jalut in Palästina eine mongolische Truppe vernichtend schlagen. Obwohl die Niederlage militärisch gesehen nur von lokaler Bedeutung war, hatte sie moralisch ungeheuere Folgen. Ganz Syrien konnte zurückerobert werden, und der mittlere Euphrat wurde zur endgültigen Grenze zwischen der mongolischen und der arabischen Welt. Zugleich wurde Kairo der Sitz eines neuen, wenn auch politisch machtlosen Kalifats, das der Legitimation der Mumluken-Sultane diente.